Ketentuan hukum baru untuk merespon ancaman terorisme
dalam bentuk undang-undang yang telah diamandemen telah dibuat.
Namun, diketahui, agar dapat diimplementasikan dengan efektif,
beberapa substansi membutuhkan aturan pelaksanaan, antara lain,
Perpres (Peraturan Presiden) untuk pengaturan pelibatan (peran)
TNI dan hubungannya dengan Polri. Hal ini menjadi penting untuk
mencegah konflik antara satuan anti-teroris di pihak tentara dan
polisi, di samping untuk mencegah penyalahgunaan kewenangan
(abuse of power) yang dapat terjadi, jika dibutuhkan gelar pasukan,
untuk mengatur berapa anggaran yang dibutuhkan, berapa banyak
pasukan yang harus dikerahkan, dan untuk berapa lama penugasan
diberikan.